1990 yılında grubun kurucusu Jasper Strömblad o zaman üyesi olduğu Ceremonial Oath grubundan, Anders Fridén ile ayrılmaya karar verir. Farklı bir müzik türü yapmaya karar verip Johan Larsson ve Glenn Ljungström'ün katılımıyla In Flames'i kurarlar. İlk demolarını Wrong Again plak şirketine yollayadılar. Plak şirketinin sahibi bu demoyu oldukça beğenir ve ertesi gün telefon açar. Bunun üzerine grup kısa sürede patlayacak Lunar Strain adlı albümlerini hazırlamaya başlar.
In Flames, pek çok grupta olduğu gibi, ayrılan ve sonradan dahil olan üyelere sahiptir. Bunlardan bazıları Mikael Stanne ve Anders Jivarp (Dark Tranquillity), Anders Iwers (Tiamat), Henke Forss (Dawn) ve Daniel Erlandsson'dur (Eucharist, Arch Enemy)
Grup daha sonra Subterranean isimli ufak bir CD yayımlar. Bu ufak yayım onlar için bir dönüm noktasıdır. Bu albümle beraber dikkatleri üzerine çeken In Flames, bir Alman plak şirketi olan Nuclear Blast ile masaya oturur. Bu başarıdan kısa bir süre sonra, canlı gösteriler ve albüm yapımları için sürekli dışarıdan çağırmaktan bıktıkları Anders Fridén ve Björn Gelotte'u gruba davet ederler ve kabul görürler.
Peşinden The Jester Race ismindeki albümlerini de yayımlayıp, özellikle Avrupa ve Japonya'da büyük bir başarıya ulaşırlar. Aynı ve bir sonraki yılda olan bazı olaylar sebebiyle Johan ve Glenn önceliklerinin ne olduğunu düşünmeye başladılar ve üzücü bir şekilde, artık In Flames üyesi olmamayı seçtiler. İkisi de, Whoracle adlı albümün kaydı sırasında beklenmedik bir şekilde ayrılacaklarını duyurdular ve Björn, Jesper ve Anders'ı yarım bir grup ve albümle başbaşa bıraktılar. Neyse ki Peter Iwers ve Niklas Engelin ismindeki arkadaşları ayrılanların yerini albümün kaydının tamamlanmasına kadar doldurdular. Daha sonra bu iki kişi de grupla çalışmaktan hoşlandıklarını ve grubun bir parçası olmayı istediklerini söylediler ve derhal kabul edildiler. Birlikte Avrupa ve Japonya'da başarılı bir turneye çıktılar. Bu turnenin sonunda İsveç'e döndüklerinde Niklas bazı özel sebeplerden dolayı gruptan ayrılmak zorunda kaldı. Bu durum grubun tarihindeki en önemli dönüm noktası olarak belirtilir. Niklas'ın ayrılmasından sonra, o zamana kadar davulu kullanan ama aslen bir gitarist olan Björn'ü gitaristliğe, davula da Daniel Svensson'u getirirler.
Bu değişiklik işe yarar ve The Colony isimli albümlerini çıkarttıklarında istediklerini alırlar ve Amerika, Avrupa ve Japonya'da çıktıkları sahnelerde konser alanlarını tamamen doldururlar.
Bir kaç yıl süren başarılı turnelerinden sonra Ağustos 2000'de, yaklaşık 3 aylık bir stüdyo çalışmasından sonra The Clayman'ı çıkartırlar ve birkaç ay içinde önceki albümlerinin satış rekorunu bile kırarlar. Dream Theater, Slipknot, Testament, Methods of Mayhem ile festivallere katıldıktan sonra ufukta bir turne daha görünüyordu. İki Amerika turnesi arasına bir de Avrupa ile Japonya turnelerini kattılar. Jester, Japonya'da en iyi şarkı yazarı olarak BURRN! ödülünü aldı. Japonya turnesine katılamayan Peter Iwers grupla tekrar İskandinavya turnesinde buluştu. Bu süre içinde Armageddon grubundan Dick Löwgren onun yerine sahne aldı. 2000 yılında yaklaşık 150 kez sahne aldıktan sonra 2001 yılında tatile çıktılar
2001 yılında Peter'ın tekrar katılmasıyla İsveç'te, dört ayrı televizyon kanalı ve radyodan canlı yayınlanan bazı gösterilerde yer aldılar. Only for the weak adlı kliplerinin yayınlanmaya başlamasıyla Avrupa'da 20.000 kişiye konser verdi. Bir sonraki yazda Wacken Open Air ve Rock Machin gösterilerinden sonra, Amerika turnesine başlamadan önce, yeni albümleri olan The Tokyo Showdown'ı çıkardılar.
Daha sonra Daniel Bergstrand ile Dug-Out stüdyolarında çalışmaya başlayıp Reroute To Remain albümünü hazırladılar. Yine birçok turneye ve gösteriye, Slipknot, Mudvayne, Soulfly ve Slayer ile katılmaları onlara müziklerini farklı izleyicilere de göstermelerini sağladı. Kendi ülkelerinde Linkin Park'ın yerini alarak Hultsfred festivaline katıldılar.
Bu gösteriden bir sonraki gün, Metallica'nın Madrid'deki konserinde ön grup olarak çıkma teklifini aldılar ve yaklaşık 30.000 kişinin önünde ki bu onların tek seferde karşılarına çıktığı en büyük kalabalıktı, sahne aldılar. Bir sonraki albümleri olan Soundtrack to Your Escape için Danimarka'da bir ev kiralayıp bunu tamamen bir stüdyoya çevirdiler ve bu albümleri ile yine bir başarı yakalayıp sayısız konserler verdiler.
Grubun 2005 yılı sonunda tamamlanıp 2006 içersinde piyasaya sunulan Come Clarity albümleri bugüne yaptıkları en başarılı albüm olmuş ve pek çokları tarafından grubun yeniden doğuş albümü olarak nitelendirilmiştir. Çıktığı hafta içersinde tüm albüm satışları listesinde İsveç ve Finlandiya' da bir numaradan listelere girmiştir. Bütün bu başarıların yanında önemli bir hayran kitlesi tarafından grup müzik çizgisini ve ana felsefesini daha ticari bir tarza taşıdığı için eleştirilmektedir.
Grup 3 Temmuz 2005 tarihinde İstanbul'da Rock Republic festivali kapsamında bir konser verdi. Yaklaşık 5.000 kişinin izlediği konser 2 saat sürdü.
